Análisis de amplicones de 16S rRNA
Mayo 2019
Propósito
El propósito del curso es ayudar en el análisis, integración e interpretación de datos de amplicones de 16s rRNA provenientes de proyectos de secuenciación masiva de nueva generación.
Descripción del curso
Es un curso intensivo que guiará a los participantes desde el manejo del sistema GNU/Linux, administración y ejecución de comandos para el análisis ecológico de comunidades microbianas usando datos de secuenciación masiva, principalmente Illumina y Ion Torrent. No es necesario experiencia previa en el uso de comandos y de la terminal.
Los participantes obtendrán experiencia práctica en:
- Uso de la terminal GNU/Linux: piping - ejecución de scripts en python, R y bash.
- Control de calidad de secuencias provenientes de secuenciación masiva.
- Análisis de secuencias de amplicones.
- Instalación y uso de QIIME 1.9 y QIIME2 para análisis de diversidad microbiana.
Objetivos de aprendizaje
Los asistentes al curso serán capaces de:
- Analizar comunidades microbianas desde una perspectiva ecológica.
- Proporcionar una visión general de la manipulación de datos específicos de estas tecnologías, y discutir sus sesgos.
- Eligir análisis estadísticos apropiados para explorar conjuntos de datos y probar hipótesis.
- Visualizar patrones en comunidades bacterianas.
- Desarrollar capacidad de trabajo con QIIME 1.9 y QIIME2.
