Análisis de amplicones de 16S rRNA

Mayo 2019

qiime2

Propósito

El propósito del curso es ayudar en el análisis, integración e interpretación de datos de amplicones de 16s rRNA provenientes de proyectos de secuenciación masiva de nueva generación.

Descripción del curso

Es un curso intensivo que guiará a los participantes desde el manejo del sistema GNU/Linux, administración y ejecución de comandos para el análisis ecológico de comunidades microbianas usando datos de secuenciación masiva, principalmente Illumina y Ion Torrent. No es necesario experiencia previa en el uso de comandos y de la terminal.

Los participantes obtendrán experiencia práctica en:

  • Uso de la terminal GNU/Linux: piping - ejecución de scripts en python, R y bash.
  • Control de calidad de secuencias provenientes de secuenciación masiva.
  • Análisis de secuencias de amplicones.
  • Instalación y uso de QIIME 1.9 y QIIME2 para análisis de diversidad microbiana.

Objetivos de aprendizaje

Los asistentes al curso serán capaces de:

  1. Analizar comunidades microbianas desde una perspectiva ecológica.
  2. Proporcionar una visión general de la manipulación de datos específicos de estas tecnologías, y discutir sus sesgos.
  3. Eligir análisis estadísticos apropiados para explorar conjuntos de datos y probar hipótesis.
  4. Visualizar patrones en comunidades bacterianas.
  5. Desarrollar capacidad de trabajo con QIIME 1.9 y QIIME2.

16s



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